En 1968 Bayer trabajaba en el diario Clarín y, a pedido de Félix Luna, publicó un puñado de artículos en la revista Todo es historia. Este fue el inicio de la serie de libros titulada Los vengadores de la Patagonia trágica, con sus tres primeros tomos publicados en Argentina por la Editorial Galerna y un cuarto durante su exilio en Alemania. Todas estas publicaciones habían sido leídas por el director  Héctor Olivera , pero fue la obra de Bayer la que lo impulsó a hacer la película.

Así, La Patagonia rebelde sería el título más emblemático de Aries Cinematográfica, productora fundada por Olivera y Fernando Ayala y que realizó hasta el día de hoy un total de 102 películas. 

El contrato entre Bayer y Aries se firmó con el compromiso de respetar el espíritu del libro, incorporando al autor en la elaboración del guion y posteriormente en la elección de las locaciones.

Todo esto sucedió durante la breve primavera Camporista, en un escenario más que alentador para un proyecto que, entre otras cosas, denunciaba la alianza histórica entre la derecha y el Ejército Argentino. Una vez terminado, el guion fue presentado al Ente de Calificación presidido por Octavio Getino , quien había co-dirigido em 1968, junto a Pino Solanas, La hora de los hornos. Su aprobación fue inmediata, al igual que en el Instituto de Cine, en ese entonces presidido por el veterano director Mario Soffici , quien con entusiasmo otorgó el préstamo necesario para la realización de la película.

Tal cual consta en la apertura de la película, algunos hechos fueron condensados y los nombres de varios personajes fueron modificados con respecto al libro de Bayer. Esto se debió, en muchos casos, a razones puramente cinematográficas, pero lo cierto es que aún en democracia los militares eran capaces de poner obstáculos. Olivera y Ayala sabían muy bien que tan lejos podían llegar con el guion y optaron por cambiar los nombres de algunos militares, como el del teniente Anaya, todavía vivo en ese entonces y con descendientes en las armas. También desecharon una escena que a Bayer le hubiera encantado incluir, aquella en la que un grupo de prostitutas se negaron a prestar sus servicios a los soldados que habían consumado la matanza de los obreros.

Pero en julio de 1973 se produjo la renuncia de Cámpora y con Lastiri como presidente interino, se esperaba el arribo de Juan Domingo Perón para su tercer ciclo presidencial. El asunción de Lastiri con López Rega operando en las sombras no era un buen presagio, sobre todo para Osvaldo Bayer que debió padecer la prohibición de su libro acerca de Severino Di Giovanni. La estrategia de Olivera y Ayala sería, una vez finalizado el rodaje, lograr la autorización para el estreno de La Patagonia rebelde ya con el viejo general el poder. Cuando Perón asumió la presidencia en octubre de 1973 la situación política había mutado drásticamente.

Y así fue que Aries Cinematográfica partió hacia el sur para iniciar el rodaje en enero de 1974.

El rodaje

La película comenzó a filmarse en enero de 1974. Se trató de una aventura cinematográfica única hasta ese entonces, tanto por la envergadura del proyecto como por las condiciones en las que se iba a desarrollar. Pocas veces el cine argentino se había adentrado tan profundamente en las inmensidades patagónicas y mucho menos para abordar un tema tan comprometido. La empresa requería la máxima organización por parte de la productora Aries, que había llevado hasta Santa Cruz a un nutrido grupo de técnicos y actores y programado jornadas de rodaje en locaciones por lo general muy distantes unas de otras. La mayoría de las escenas fue rodada en localidades carentes de infraestructura o directamente en exteriores a campo abierto. En muchas ocasiones, según relata Federico Luppi , había que movilizar, además del equipo y los protagonistas, a decenas de extras. Si una demora en cualquier producción cinematográfica cuesta mucho dinero:¿qué decir de La Patagonia rebelde? Además, las noticias que llegaban desde Buenos Aires sobre la situación política eran preocupantes. 

La comunidad de Santa Cruz recibió con entusiasmo al equipo de filmación y a los actores que llegaban para recrear un episodio fundamental de su historia.

Una de las personas que más colaboró con el rodaje de La Patagonia rebelde fue el gobernador de Santa Cruz ,Jorge Cepernic , a quien Bayer había conocido cuando realizaba la investigación. Olivera recuerda su valiosa colaboración:

 El 19 de enero de 1974 el Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) atacó la guarnición de Azul en el marco del cada vez más creciente rumor acerca de la deteriorada salud de Perón. En ese contexto, el gobernador Cepernic desoyó una "sugerencia" del Estado Mayor Conjunto respecto a impedir la continuación del rodaje de la película. En efecto, Cepernic se subió a un avión y se presentó en la estancia “La Anita”, donde se estaba filmando la escena de los fusilamientos, para poner a Olivera al tanto de la situación. Había que apurar el rodaje de una película que, a la luz de la situación política, tal vez nunca podría estrenarse.

La etapa de rodaje concluyó en los estudios Baires de la localidad bonaerense de Pacheco. De día fueron filmadas las escenas de interiores y de noche se iba realizando el montaje mientras Oscar Cardozo Ocampo avanzaba con la banda musical. Con tan sólo un mes de pos producción, La Patagonia rebelde estaba lista para ser presentada al Ente de Calificación. Era el 5 de abril de 1974.